Descripción Geográfica
Tipos de Suelo
El territorio de Landa presenta diferentes alturas sobre el nivel del mar, por pertenecer a una parte de la Sierra Madre Oriental. En pocos kilómetros la vegetación cambia de región tropical a zona boscosa. La región es muy accidentada y en su mayoría montañosa, pero cuenta con una zona semi-plana y otra formada por pequeños valles aislados.
Los suelos que predominan son diversos. Abunda la tierra negra y en algunas regiones se encuentra tierra roja. Existen sótanos y grandes cavernas en la profundidad de la tierra.  La comunidad de Landa está ubicada en una zona sísmica.
Las tierras de Landa tienen vocación agrícola de temporal, con suelos que van de profundos a medios; la mayoría de textura arcillosa y aptos para el cultivo de maíz, frijol, chile y garbanzo, base fundamental en la alimentación de sus habitantes.
Las características de los terrenos montañosos hacen propicia la formación de flora apropiada para la cría de ganado vacuno.

Orografía
Zona Accidentada
La Sierra Gorda presenta tres formas características de relieve: Una zona accidentada, formada por cerros y barrancas con pendientes muy pronunciadas que bajan del Río Moctezuma. Este tipo de terreno, se encuentra notoriamente al sur, sureste, noroeste y oeste, abarcando cerca de 176 kilómetros cuadrados, el 21% de su superficie total.

Zonas Semi-planas
El segundo tipo de relieve, lo integran las zonas semi-planas, formadas por serranías y laderas con pendientes medianas, observables en todo el Estado. A esta clasificación corresponden 546 kilómetros cuadrados, el 65% del total de la superficie de Landa.
Las zonas planas, pequeños valles entre las serranías, con pendientes menores, se localizan en puntos aislados del municipio, con una extensión de 118 kilómetros cuadrados, un 14% de su superficie total. Al norte, se localizan un grupo de tres montañas, denominadas de San Miguel; al sur, una pequeña cordillera denominada Montañitas y al este, los cerros de La Gacela, El Gato y El Venado.
Las montañas más altas, se encuentran en Pinalito de la Cruz y Tilazo. Otros cerros que destacan son el de La Garza, Cerro Grande de San Juan, Tres Lagunas, El Razo, La Silleta, Tlacuilola, La Palma, El Aguacate, El Sapo, Cuchilla y Mecocal.  El número de valles es limitado y sus extensiones son pequeñas. Los más importantes son: Tilaco, Tres Lagunas, Valle de Guadalupe y Acatitlán.

Hidrografía
Al sur de Landa, se encuentra el Río Moctezuma, cuya corriente se forma por los ríos San Juan y Tula y que sirven de límite con el Estado de Hidalgo. Otros ríos son el Tancuilín y Río Verdito. Existen algunos manantiales y pequeños arroyos, que en época de lluvias aumentan el caudal de los ríos.
Sin embargo, los recursos hidráulicos de la localidad, se reducen a bordos y ollas de agua de donde se abastecen la mayoría de los habitantes. Los bordos de mayor importancia por su capacidad, se encuentran en las comunidades de Encino Solo, Landa de Matamoros, Tres Lagunas, Otates, Santa Inés, Malpaís y Acatitlán. El agua que almacenan procede de escurrimientos originados en época de lluvias.

Clima
Debido a lo accidentado de los suelos, Landa presenta una gran variedad de climas, desde el frío de los bosques, hasta un calor sofocante, característico de las zonas tropicales. La temperatura media anual es de 22C y en el mes de mayo llega hasta los 43C. En enero se registran temperaturas de hasta menos 2C.
La precipitación pluvial media anual es de 920 milímetros cúbicos. La dirección de los vientos predominantes es de noroeste a sureste. En la parte baja, existe clima seco y sub-húmedo en las partes medias.

Flora
El territorio de Landa de Matamoros, es rico en flora y su variedad depende de la zona.
En la zonas boscosas silvestres destacan especies como el pino, cedro rojo, cedro blanco, capulín, palo de arco, encino, escobillo, prieto, palo de rosa, palo escrito, mora frijolillo, zihuapatle, tepehuaje; palo de uña de gato, granjero y palo de shistote.
En las zonas semisecas predominan otras especies como el nopal, cola de diablo, oréganos, órganos, magueles y bisnagas. En la flora cultivada se plantan los naranjos, durazno, papaya, limón, aguacate, toronja, lima, zapote, nogal, maguey y manzana. La diversidad de climas, favorece tambien el cultivo de una gran variedad de flores de ornato.
Por sus extensos bosques de pino, encino, oyamel, cedro blanco y madroño, Landa de Matamoros es un recurso forestal importante en la Sierra Gorda.
Esta riqueza natural es proveedora de maderas finas como el cedro rojo y blanco, el palo escrito, el nogal y la mora.
Las regiones cálidas, son proveedoras también de especies únicas como Tangojó y Neblinas, en dónde es posible encontrar árboles selváticos hasta de 30 metros de altura.

Fauna
En climas tan extremos con vegetación tan característica, es posible encontrar una variedad insospechable de especies animales silvestres. El tigrillo, los coyotes, zorras, armadillos y tejones habitan comúnmente las zonas silvestres. Es sencillo encontrar también pequeñas especies como gatos monteses, liebres, correcaminos, tlacuaches y venados ya casi en extinción.
Las aves más vistosas y éxoticas pueden admirarse en este habitat natural, desde palomas, pichones, tórtolas, jilgueros, zenzontles, cardenales, tordos, zopilotes y gorriones. Las coloridas guacamayas y una gama de mariposas visten de colores el paisaje.
En las regiones montañosas y de la semi-selva, es posible observar el sutil movimiento de distintos reptiles como la víbora de cascabel, la mahuaquite, la navaca, alicante y la coralilla.
En la región de Tangojó, a las orillas del Río Moctezuma, existen peces y acamayas.  En los lugares abruptos y apartados se esconden grupos de jabalíes y armadillos.
Un surtido habitat de insectos sobrevuela, rastrea y trepa la densa vegetación; desde chapulines, alacranes, arañas de distintos tipos, mosquitos, zancudos, chinches, pulgas, garrapatas, piojos, cienpiés, gorupos y el venenoso pinolillo cuyo piquete produce fuertes alergias y erupciones en la piel.

La Sierra Gorda tiene una gran diversidad de fauna y flora, y las más vastas extensiones boscosas del estado de Querétaro. Contiene además uno de los fragmentos de bosque tropical subcaducifolio más norteños del continente, y uno de los últimos reductos de bosque mesófilo. Esta cobertura vegetal evita la erosión de los suelos y con ello el azolve de los ríos; los que nacen en la Sierra Gorda forman parte de la cuenca del río Pánuco y extienden sus beneficios hasta la región de la Huasteca, en los estados de San Luis Potosí, Veracruz y Tamaulipas.
En 1997 el gobierno federal decretó la Reserva de la Biosfera Sierra Gorda que, con una superficie de 383 567 hectáreas y once zonas núcleo, es el área natural protegida con mayor diversidad de ecosistemas del país: La Joya Verde del centro de México.

Prehistoria
Landa de Matamoros enclavado en la zona serrana de la Cordillera Madre Oriental que atraviesa el territorio del Querétaro, es el único municipio del estado en dónde hasta ahora, han sido encontrados fósiles marinos de animales prehistóricos.
En la comunidad de El Madroño existe uno de los más importantes yacimientos, aunque el reporte científico de los hallazgos, aún no se concluye.

Comunidad de El Madroño
Hallazgos Científicos de restos óseos
En 1984, el Departamento de Prehistoria del I.NA.H., inició excavaciones en una zona dónde trabajadores de obras públicas, dijeron haber encontrado huesos de un tamaño inusual.
Debido a la accidentalidad del terreno, las excavaciones fueron lentas, arrojando únicamente un reporte inicial de los paleozoólogos en dónde se mencionaba que los restos encontrados pertenecían a un mastodonte cuyos huesos totalmente fragmentados, muestran señales de rodamiento.